Tom Bohr, un petit garçon de dix ans, possède un véritable trésor: l'Oeil de cristal. Grâce à cette loupe magique, il peut voyager dans un monde fantastique où il devient Hydro, le plus petit des miniAtomix. En compagnie de ses amis et surtout de son inséparable Mouch, un électron espiègle, il se lance dans une aventure extraordinaire. Leur voyage ne se fera pas sans danger, car ils devront affronter les puissants métaAtomix et leur terrible chef Technétium!