La légende du royaume invisible, c’est d’abord et avant tout une énigme datant des temps immémoriaux que les jumeaux, Youri et Anastasia, devront résoudre afin de retrouver leur père porté disparu depuis le naufrage du sous-marin à bord duquel il était parti en mission. Inventeur et scientifique de renom, celui-ci a laissé des indices à ses enfants afin qu’ils le retracent. À chaque étape de leur périple, les jumeaux rencontreront des gens qui vont les amener à s’interroger sur leur façon de percevoir le monde ainsi que sur la valeur qu’ils accordent aux personnes et aux choses qui les entourent.